Desde 1579, cuando acabaron las obras, hasta 1601 funcionó como colegio de internos con diversos conflictos que alteraron su marcha normal, ente ellos el del enfrentamiento del Arzobispado con el Ayuntamiento por el control del Colegio.

 

Siglos XVII-XVIII.

En 1601, desde Valladolid, sede provisional de la capital del Reino, llegó una propuesta de acuerdo entre ambas partes, que se materializó en la famosa Concordia de 1601 entre el Arzobispo Zapata y el Corregidor Gonzalo Manuel que fue ratificada por el rey Felipe III en 1602 y por el papa Paulo V en 1608. Se redactaron las Constituciones del Colegio: un patronato presidio por el Obispo, el Rector, dos Canónigos en representación del Cabildo, dos regidores del Ayuntamiento y los dos colegiales más antiguos; un Rector, elegido por tres años, que será canónigo o dignidad de la catedral nombrado por el patronato; 12 colegiales de entre 19 y 25 años; tres familiares (servicio del centro) y un cocinero formaban la dotación del colegio. También se elaboró la Tabla de Ceremonias que trataba del funcionamiento interno del centro. Había cuatro Cátedras: Casos de conciencia, Sacramentos, Canto y Gramática que eran los estudios que se realizaban.

El primer Rector fue Martín de Aresti, al que siguen otros como Marcos de Torres o Pedro de Argáez, que llega a un brutal enfrentamiento con los colegiales la noche del 14 de junio de 1644.

Durante estos dos siglos el colegio de San Nicolás desarrolla su función didáctica con muchos incidentes, particularmente en el siglo XVII.

La época oscura: 1804-1840

Los últimos años del siglo XVIII el Colegio tuvo poco alumnado debido a las penurias económicas que padecía. Por ello en 1804 el Patronato recibe la solicitud de que las instalaciones sena cedidas para depósito de granos, pero continuando con su función docente. En 1806 fue almacén de lanas de los comerciantes burgaleses. Y en 1808 los soldados franceses se adueñan del edificio.

Las Cortes de Cádiz resucitaron la vieja posibilidad de convertirlo en Universidad pero fue imposible. Con el Trienio Liberal (1820-23) el intento de recuperarlo para la enseñanza fue más serio debido al interés del Ayuntamiento en ese propósito. Se hicieron obras en el centro y se nombró el cuadro de profesores comenzando a funcionar como Universidad de segunda Enseñanza en 1822; pero el proyecto fue muy corto, pues al año siguiente cambiaron radicalmente las cosas.

En 1826 fue local para lanas y tejidos del empresario francés Maurice Loignon.

1840-época actual. El viejo colegio se convierte en Instituto de Enseñanza Media.

 

Siglo XIX.

Los aires liberales que soplaban en España son los que permiten recuperar definitivamente el colegio para la enseñanza. Fue el Instituto Literario Superior que funcionó desde 1840 hasta 1845. Pero como el edificio del viejo Colegio de San Nicolás estaba ocupado por los militares, las clases se debieron impartir en el Seminario Conciliar de San Jerónimo.

En 1845, con el Plan Pidal de Enseñanza Media, se crearon los Institutos de Segunda Enseñanza, uno por cada provincia. En Burgos inmediatamente se pensó en el viejo Colegio de San Nicolás como sede del nuevo Instituto. Pero había que desalojar al cuerpo de Artillería que ocupaba el edificio. Esto se consiguió, en 1849, por la inestimable labor del primer Director elegido del Instituto D. Juan Antonio de la Corte y Ruano-Calderón, Catedrático de Geografía e Historia. Se pensó también en otras sedes como la cárcel, que estaba en el actual solar de la Diputación Provincial o el convento de San Pablo (en el actual solar del Museo de la Evolución).

Importantes profesores iniciaron la labor docente en el nuevo instituto como el Director, Raimundo de Miguel catedrático de Latín, José Martínez Rives Catedrático de Historia o Eduardo Augusto de Bessón, Catedrático Psicología y Lógica. Junto a las asignaturas tradicionales estaba la de Agricultura teórico-práctica que acaba convirtiéndose en una Cátedra en 1876. Para ello el Instituto disponía de un Jardín Botánico al que se incorporó un invernadero en la década de los 70. En 1861 se instaló en el centro el Observatorio Meteorológico, de índole provincial, que ha venido funcionado como tal hasta finales del siglo XX.

Desde los comienzos del Instituto, la cátedra de Historia Natural, a través de compras con la dotación anual y por importantes donaciones, constituyó un importante Museo de Ciencias Naturales, debido a los desvelos de Mauricio Pérez San Millán y, sobre todo, de José López de Zuazo.

El Instituto fue creando una importante biblioteca, conseguida con las incorporaciones a través de los presupuestos ordinarios, de las bibliotecas de monasterios exclaustrados y de donaciones entre las que destacamos las llevadas a cabo por el gobierno francés, con motivo de los cursos de verano y, sobre todo, la donación del profesor Eloy García de Quevedo. Este fondo se dividió cuando se creó el segundo instituto burgalés, el Instituto Conde Diego Porcelos.

Durante algunos años el Instituto fue colegio de internos; se situaban las cátedras en la planta baja, y el internado, en régimen completo o mediopensionista, en el primer piso.
 

Siglo XX

En los primeros decenios de este siglo algunos profesores incrementan el prestigio del Centro debido a su labor docente, investigadores y su proyección en la política. Rodrigo Sebastián Catedrático de Francés crea en 1908, con Ernest Mérimée de la Universidad de Toulouse, los primeros curso de verano para extranjeros de toda España. A ellos asisten importantes personalidades de la vida cultura española, como Américo Castro, Vicente Lampérez, Domínguez Berruela, Narciso Alonso Cortes. Muchos profesores del centro son condecorados con la Legión de Honor francesa. Eloy García de Quevedo Catedrático de Literatura fue alcalde de Burgos. José María Ordoño Catedrático de Matemáticas también será alcalde de la ciudad. Teófilo López Mata Catedrático de Geografía e Historia fue Concejal y profundo investigador al igual que Ismael García Rámila.

Por una orden ministerial de 1957 el centro pasa a denominarse Instituto Cardenal López de Mendoza, en honor de su fundador. Aunque desde 1936 estaban separados los alumnos por sexos dentro del mismo edificio a comienzos de la década de los sesenta se construye un nuevo pabellón que será para alumnas, permaneciendo los alumnos en el edificio del siglo XVI. Ese nuevo pabellón se inauguró en 1963. Esta separación tomará otra entidad cuando en 1967 se crea un nuevo instituto, el segundo de la capital dedicado al Conde Diego Porcelos, fundador de la ciudad, que será Instituto masculino quedando el Instituto Cardenal López de Mendoza como Instituto femenino. 

Durante el curso 1985-86 se incorpora al Instituto López de Mendoza la modalidad del Bachillerato Internacional, siendo director D. Francisco Ortiz Sáez.

El año 1995 se celebró el sesquicentenario de la creación del instituto que se celebró con una importante exposición retrospectiva con documentos y materiales alusivos a la historia del centro. Presidió los actos el ministro de Educación D. Eduardo Saavedra perpetuando el acto con una placa en la biblioteca de alumnos. Ese mismo años se implantó la ESO en el primer curso del segundo ciclo.

Al año siguiente, ante la ruina inminente de vigas y cubiertas del edificio, se llevó a cabo una importante obra de reparación integral siendo director D. Antonio Valverde Ortega. Se hicieron importantes mejoras cambiando la distribución de espacios, como la Dirección, la Secretaría y el Museo de Ciencias Naturales que pasó a ocupar el aula general del primer piso donde durante mucho tiempo estuvo la Cátedra de Dibujo. Las obras concluyeron en diciembre de 1999 a cuya inauguración asistió la Subsecretaria del Ministerio de Educación Dª Ana Pastor y autoridades locales.

La inauguración del curso 2002-03 fue presidida por la Infanta Dª Cristina acompañada de la Ministra de Educación, el Presidente de la Junta, el Alcalde de la ciudad y la Directora del Centro Dª Pilar Cristóbal Plaza, hechos que quedan grabados en una inscripción lapidaria en la Capilla, junto a otras dos que conmemoran el traslado del instituto en 1849 y la visita de la reina Isabel II en agosto de 1861.